SARS-CoV-2の核酸増幅検査（NAAT、RT-PCRなど）について、UpToDateで記載されている特徴が以下です。

●NAAT陽性結果の場合:一般的にCOVID-19の診断が確認されます。追加の診断テストは必要ありません。
（入院患者に対する他の検査などは、ここでは割愛）

●NAAT陰性結果の場合：多くの人にとって、NAATの陰性結果は1つで、COVID-19の診断を除外するのに十分です。ただし、上気道検体からの偽陰性NAAT検査（RT-PCRなど）は十分に文書化されています。
最初の検査が陰性であるが、COVID-19の疑いが残っており（たとえば、明らかな代替原因のない示唆的な症状）、感染の存在を確認することが管理または感染管理にとって重要である場合は、検査を繰り返すことをお勧めします。繰り返しテストするための最適なタイミングは不明です。通常、最初のテストの24〜48時間後に実行されます。

●NAATの精度（Accuracy)：SARS-CoV-2NAATの精度や的中度は体系的に評価されていません。
偽陽性の結果はまれです。報告された偽陰性率は5〜40％の範囲でしたが、比較のための完全な参照基準がないこともあり、これらの推定値は限られています(*)。
一例として、発熱または急性呼吸器症状で中国に入院し、最終的にSARS-CoV-2 RT-PCR検査（主に喉の綿棒）が陽性であった51人の患者の研究では、15人の患者（29％）が初期検査は陰性であり、連続検査によってのみ診断されています。
試験の感度は、得られた検体の種類と質、試験時の病気の期間、および特定のアッセイに依存する可能性があります。

*：JAMA総説（Wiersinga_2020）では、偽陰性率は20～67%

●NAATと抗体検査と抗原定性検査との比較が以下です（UpToDate Oct 16/2020）。

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PCR検査結果を過信してはいけない。

COVID抗原検査は迅速検査として、定性あるいは定量検査があります。
一般の医療機関の多くは定性抗原検査を実施していますが、国内ではいくつかの検査キットが承認されています。

国内の抗原迅速定性検査とPCR検査との一致率を比較すると（発症から２～９日までの検体を使用）以下のようなものです。検体：鼻咽頭ぬぐい液

■では、抗原検査を発症日から時系列的にその陽性一致率（感度）を比較するとどうでしょうか？

ある会社の抗原検査キットについて、発症日からの経時的な陽性一致率を調査した結果が以下です。
（国内A社未発表データ、personal communication）。

 
つまり、5日以内は100%の陽性一致率（感度）ですが、6日以降からは80%（minimum sensitivity）に減少後しその後漸減、８～９日以降では3人に一人が偽陰性となります。

ちなみに、厚労省の抗原迅速定性検査指針は、症状発症から２～９日以内の検査推奨です。
https://www.mhlw.go.jp/content/000640554.pdf
厚労省の「２～９日間」という根拠は、いずれも１～３個の施設による非常に少ないサンプルサイズのエビデンスでした。
また、第1日目が推奨範囲から除外されている理由は検査実施がないためのようです。
ウイルス量が>1600～>400/検体の推移とか、検査日を9~10日以内など、全てがpost hoc解析です。つまり事前設定の仮説による検定でもなければ、さらにはサンプルサイズの設定もないものです。・・・　これは質の高いエビデンスとは言えません（GRADE原則）。

 

■UpToDate以下のように記載されています

（updated Oct 16, 2020）

 
以上から結論として、・・・・
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訂正：
弘前保健所管轄の対象人口が計算していたものよりも実際には広く、分母としては30万人台でした。実際の感染発生者は弘前市が多いのですが、対象地区10万人/Wあたりの割合とすると以下のように変わります。（申し訳ございません）

青森県弘前市で接待を伴う飲食店クラスターにて、有症状者が発生したのが10/1です。
その後の大クラスターにつながり、10/10～11頃に営業休止になったものの、利用客からの二次感染急増（KAK病院における発生も含め）、さらには三次感染が発生している現状です。

では、営業休止から2週間たつ現状では、感染状況はどうでしょうか？ 最近1週間が以下です。

この図は、COVID-19感染拡大の初期の感染者id38～83は表示せず、最近の1週間のPCR陽性例を示しています。
注：シャモンクラスター全体はこちら。コロナ感染-弘前_シャモンクラスター.pdf

感染者の特徴、および対応方針が以下です。
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●当初のシャモンスタッフからの感染例（利用客）は減少しています。

●また、現時点では”感染陰性の確認”を”コロナ抗原迅速検査”で実施することは不適切と考えられます。
（特異度の高い抗原検査で陽性ならば、コロナ感染症です）
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弘前市では夜の飲食店の時短や一部自粛となっていますが、適切な感染拡大防止策を講じておられる「接待を伴わない飲食店」は、大変な被害でしょう。

 

青森県弘前市のコロナ感染はピークをすぎたように思いますが、二次～三次感染が増えてきています。
また、接待を伴う飲食店に関連したPCR陽性者がいまだに出現し、しかも有症状です（後述のpdf）。

 
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上記pdfをみてわかるように、当初はシャモン関係の感染者が多かったものの、当然ながら最近は二次感染者が多くなっています（しかも無症状の割合が多い傾向）。しかし、いまだに、シャモン関連の感染者（しかも症状あり）が出現しており、利用客のおよそ80人がいまだ不明です。

また、弘前コロナ感染の中で、行動把握ができていない２ケース（#98, 115）にさらに１例（#153）が加わりました。
さらには、KAK医療機関においていまだに有症状感染者が報告されています。

まあ、この田舎の流行トレンドが、東京などの都会では、近距離で同時多発しているのでしょう。
（最後に、本内容は個人的に収集したデータに基づいたものですので、正確な情報は保健所や県の担当者に問い合わせ願います）

青森県弘前市（地元です）においてコロナウイルス感染患者が急増している実態が以下です。

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●10月1日に発端者と思われる有症状者（接待を伴う高級飲食店スタッフ）が出現し、その後に、飲食店利用者からのコロナ感染者が発症し診断されたのが10月12日です。
●その後感染者が急増し、13人（10/15）、24人（10/16）、14人（10/17)と2桁台の数が続いています（青い棒グラフ）。
●しかも、感染者のほとんどは、直接的あるいは間接的な飲食店関連の感染です（オレンジ色の棒グラフ）

●1週間単位の感染者数として傾向をみると、10/15頃から急増し、直近の1週間では、83人/週です（黒色の線）。
●そして、人口10万人/週単位に換算すると、10/16には24.3人、10/17には32.5人です（赤色の点線）。
つまり、それぞれ「ステージ３（15人/10万人/週）以上」、「ステージ４（25人/10万人/週）以上」の基準を超えています（横の灰色点線）。

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４つのステージと6つの指標からは、現状は、ステージ３の後半からステージ４と判断されます。
つまり、爆発的な感染拡大を視野に入れて、厳格な感染拡大予防策が必須です。

なお、感染増加地区に関しては、自主的行動規制はもちろん、（都道府県レベルではなく）市レベルの「感染者/10万人/週」の公開が「Go To」による影響を抑えることができると思います。

 

COVID-19の治療に関して、NIHガイドラインによれば，
「薬剤が不足している場合，レムデシビルは補助的酸素治療を必要とする入院患者，ただし高流量酸素，非侵襲的換気，人工呼吸，ECMOは必要としない場合に優先的に用いる．」
（Sanford）

 

●NIHガイドラインにおける推奨の強さとエビデンスの質が以下です。
　NIHの分類は、GRADEとはだいぶ異なっていますね。

 


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COVID-19に関しては、さまざまな診療ガイドラインが公開されていますが、判断の根拠となっている、「推奨の強さとエビデンスの質」がどのような評価基準によるものかに注意が必要です。